Pentru câinii și pisicile care prezintă reacții adverse la alimente: alergii sau intoleranțe alimentare, o dietă cu proteine dintr-o singură sursă poate fi utilizată ca metodă de diagnosticare sau ca tratament pe termen lung. Majoritatea alergiilor sau intoleranțelor sunt generate de proteine, astfel încât dieta proteică cu sursă unică poate ajuta la limitarea expunerii la potențiali alergeni, fiind benefică pentru câinii și pisicile care suferă de alergii sau intoleranțe.
Utilizarea profilactică a hranei monoproteice pentru animale de companie care, prin urmare, limitează contactul organismului cu o varietate de proteine, poate duce la tulburări în răspunsul normal al sistemului imunitar al organismului. Așadar, nu este necesară limitarea surselor de proteine din hrana animalelor de companie sănătoase, atâta timp cât acestea sunt hrănite cu o dietă completă și echilibrată.